イラレでPDF保存したものをアクロバットで結合する際、
もとのイラレデータが複数のレイヤーを使っていることも多い。
頁ものとか。

そうしてまとめあげたPDFをいざプリントアウトしようとすると
全部のレイヤーが重なる事案が発生・・・！
なんでやねん！！
保存するときはいらんレイヤー非表示にしとるやないけ！！！

解決策としては、イラレでPDF保存する際
①「上位レベルのレイヤーからAcrobatレイヤーを作成」のチェックをはずす
　→　非表示レイヤーが表示されなくなる
「Illustratorの編集機能を保持」のチェックをはずす
　→　非表示レイヤーの内容がPDFに含まれなくなる

②は注意が必要かも。
本体が「.ai」で保存されているならいいけど。
「.pdf」でも同じように開けるから～と本体もチェックはずして保存しちゃうと、次に開いたとき「レイヤー無くなってる！」ってことになるんじゃないかなコレ・・・

【参考】ヤフー知恵袋より